苦瓜穿孔病病菌均以菌丝体和分孢器随病残体遗落在土壤中存活越冬，以分生孢子作为初侵与再侵接种体，借助雨水溅射而传播侵染致病。温暖多湿的天气有利于发病。品种间抗病性差异尚缺调查。
应对策略：1.选用抗耐病高产良种，播种前用新高脂膜拌种，可保温、保湿、吸胀，提高种子发芽率，使幼苗健壮。驱避地下虫害，隔离病毒感染。也可与种衣剂混用。2.未发病前噴施新高脂膜600倍夜，能自动形成一层肉眼看不见的高分子保护膜，优化植物吸水、透气、透光质量。屏蔽病虫扑食信号和削弱传播媒介，抵抗和防御自然环境灾害。3.选用农药时必须选择针对性强的药剂轮流交替使用，配置农药时必须配合新高脂膜一起使用，控制农药挥发飘逸，防小雨水冲刷，降低每亩用药量减半，提高防治效果多倍。